Sin embargo, en la vuelta de los cuartos de final, una mala tarde ante Pumas los dejó fuera del torneo al perder 0-2 en casa, a pesar de haber triunfado 2-1 en Ciudad Universitaria. Sin embargo, camiseta argentina Cruz Azul tuvo una notable irregularidad logrando 26 puntos. En la jornada 10 derrotaron nuevamente 2-0 al América después de 8 años sin ganar en el Estadio Azteca, (la última vez fue en el Clausura 2003); después en el final del torneo regular estuvo a un punto de no clasificar por la diferencia de goles, después de derrotar al Toluca le llegaron dos derrotas consecutivas, una de ellas en el Estadio Azul que acabó con 2-3 frente a Morelia, rompiendo la racha invicta como local desde el 6 de febrero del 2010 en el Bicentenario 2010, aunque la victoria de 3-0 frente a Monterrey en casa ayudó a que Cruz Azul pudiera clasificar junto con los últimos dos partidos que terminaron en empate.
