Con la unificación del fútbol mexicano, se aceleró la creación de la Segunda División Mexicana, fundada por el Deportivo Toluca Fútbol Club, el Club Deportivo Zamora, el Pachuca Club de Fútbol, el Monarcas Morelia, el Club Deportivo Irapuato, el Querétaro Fútbol Club y el Club Atlético Zacatepec; siendo los equipos fundadores de la nueva división. Almería. El día 11 de junio de 2012 el club indálico anuncia que Javi Gracia sería el nuevo entrenador para la temporada 2012-13. También se anuncian durante los días de mercado de verano y de invierno la llegada de importantes futbolistas como Iago Falqué, Aleix Vidal, Javier Casquero, o el delantero Charles Dias, quien a la postre terminaría convirtiéndose en el máximo goleador de Segunda División en esa temporada y en una pieza absolutamente clave para el equipo.
